Pour partager un repository Git entre Windows et Linux, j'utilise ces configurations dans mon ~/.gitconfig.

Pour Windows (on ne touche pas aux permissions des fichiers, on transforme les éventuels \r\n en \n à chaque commit mais sans les modifier dans notre workspace)
git config --global core.filemode false
git config --global core.autocrlf true

Pour Linux (on commit aussi les permissions des fichiers, et on transforme les éventuels \r\n en \n dans notre workspace)
git config --global core.filemode true
git config --global core.autocrlf input

Et je vérifie que ces paramètres ne sont pas présents dans les .git/config de chacun de mes projets.